Michael Scofield, seorang insinyur struktur, mencoba merampok bank agar dapat dipenjara di Penjara Negara Bagian Fox River, tempat saudaranya Lincoln Burrows, yang dituduh membunuh saudara laki-laki Wakil Presiden, dijadwalkan akan dieksekusi. Di Fox River, Michael mendekati sejumlah narapidana, yang semuanya memainkan peran penting dalam rencananya untuk membebaskan saudaranya dari penjara. Sementara itu, agen Kellerman dan Hale bertekad untuk memastikan eksekusi berjalan sesuai rencana. Putra Lincoln, LJ, mendapat masalah.
